細菌性食中毒は、感染型食中毒と毒素型食中毒に大きく分けられます。
食品と一緒に食べた細菌が体内で増殖して食中毒が起こります。細菌自体が原因となる場合と、細菌が増殖するときに作り出される毒素が原因となる場合があります。代表的な原因菌として、腸炎ビブリオ、サルモネラ属菌、病原大腸菌、カンピロバクター、ウェルシュ菌などがあります。
細菌が食品中で増殖するときに毒素を作り出し、その毒素を食べることで食中毒が起こります。代表的な原因菌として、黄色ブドウ球菌、セレウス菌、ボツリヌス菌などがあります。